W systemie controllingu projekt, traktowany jako centrum zysku, powinien zbierać wszystkie koszty związane z jego prowadzeniem. Podobnie jak w działalności produkcyjnej tu również możemy podzielić koszty na bezpośrednie (ponoszone w związku z zadaniami wynikającymi z planu projektu) oraz pośrednie - narzuty kosztów jednostek i działań wspierających zapewniających wsparcie techniczne i organizacyjne dla wszystkich zleceń realizowanych przez firmę.